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Medicina (Buenos Aires)

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Revista Panamericana de Salud Pública

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Memórias do Instituto Oswaldo Cruz

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Revista argentina de microbiología

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Characteristics of endemic human Coronavirus infections during times of COVID-19 pandemic
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Crocci, Eric E.

; Schreiner, Delfina

; Garcia, Emilia A.

; Nannini, Esteban C.

; Cobos, Manuela

; Doubik, Paula

; Balbuena, Juan P.

; Romandetta, Agustin

; Cooke, Bettina

; Alzogaray, María F.

; Baumeister, Elsa

; Mykietiuk, Analia

Medicina (Buenos Aires)

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2024, Volume 84 N. 1 Pages 102 - 107

Abstract: Es En | Text: Es En | PDF: Es | PDF: En

Abstract Introduction : After the implementation of mitigation strategies during the COVID-19 pandemic, the incidence of respiratory viruses, including human coronaviruses (HCoV), experienced a significant decrease. The aim of this study is to characterize the epidemiology and clinical aspects of HCoV infections in ambulatory adults during COVID-19 pandemic times. Methods : descriptive, prospective, longitudinal study performed in a private hospital in La Plata, Buenos Aires, Argentina between November 2020 and October 2022; 458 outpatient adults with upper respiratory tract infections (URTI) were studied undergoing clinical and microbiological follow-up. Results : 44 (9.6%) subjects were positive by multiplex PCR for HCoV. 14 of them for 229E (31.8%), 13 for OC43 (29.5%), 11 for HKU-1 (25.1%) and 6 for NL63 (13.6%). A repeated PCR was positive for the same HCoV in 19 (57%) of 33 patients on day 3-5. No hospitalizations or deaths were reported. Discussion : Endemic HCoV caused a significant pro portion of URTI among outpatient adults during COVID- 19-related restrictions times. An alternating pattern of circulation between alfa-HCoV and beta-HCoV was observed.

Impacto de la movilidad poblacional en el comportamiento de virus respiratorios durante la pandemia COVID-19
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Cobos, Manuela

; Nannini, Esteban C.

; Balbuena, Juan P.

; Crocci, Eric E.

; Schreiner, Delfina

; Garcia, Emilia A.

; Chapartegui, Sebastián

; Doubik, Paula

; Romandetta, Agustín

; Cooke, Bettina

; Alzogaray, Maria F.

; Baumeister, Elsa

; Mykietiuk, Analía

Medicina (Buenos Aires)

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dec 2023, Volume 83 N. 5 Pages 719 - 726

Abstract: En Es | Text: En Es | PDF: En | PDF: Es

Abstract Introduction : During the SARS-CoV-2 pandemic, Ar gentina population suffered from significant changes in population mobility due to non-pharmaceutical interventions. The aim of this study was to describe the impact of the mobility restrictions to the rates of positivity and diversity among different respiratory viruses. Methods : Retrospective analytical study per formed at Instituto Médico Platense in La Plata that included 458 patients with nasopharyngeal swab to search for respiratory pathogens by multiplex PCR. Changes in mobility were studied using “Community Mobility Reports”, data set developed by Google and publicly available. Results : Community mobility had significant cor relation with the percentages of viral test positiv ity (p = < 0.01; R2=0.89) and viral diversity (p = 0.04; R2 = 0.78). Discussion : Non-pharmaceutical interventions estab lished to contain SARS-CoV-2 spread had a significant impact in the circulation patterns of other respiratory viruses.

Resumen Introducción : Durante la pandemia de SARS-CoV-2 en Argentina se implementaron intervenciones no farma cológicas que produjeron cambios en la movilidad de la población. El objetivo de este estudio fue relacionar los porcentajes de positividad y la diversidad viral con la movi lidad poblacional durante parte del período de restricciones. Métodos : Estudio retrospectivo analítico realizado en el Instituto Médico Platense durante los años 2020 a 2022 que incluyó 458 pacientes a los que se les tomó un hisopado nasofaríngeo para la búsqueda de patóge nos respiratorios por PCR multiplex. Se analizaron los cambios en la movilidad de la población utilizando los “Informes de Movilidad Local”, herramienta desarrollada por Google, cuyos datos son de público acceso. Resultados : La movilidad poblacional se correlacionó significativamente con el porcentaje de positividad de las muestras (p = <0.01; R2 = 0.89) y la diversidad viral (p = 0.04; R2 = 0.78). Discusión : Las intervenciones no farmacológicas destinadas a limitar la propagación del SARS-CoV-2 tuvieron efecto en la circulación de otros virus respi ratorios, hallándose mayor porcentaje de positividad y diversidad a medida que las mismas disminuyeron su grado de restricción.

Development of a hyperimmune equine serum therapy for COVID-19 in Argentina
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Zylberman, Vanesa

; Sanguineti, Santiago

; Pontoriero, Andrea V

; Higa, Sandra V

; Cerutti, María L

; Morrone Seijo, Susana M

; Pardo, Romina

; Muñoz, Luciana

; Acuña Intrieri, María E

; Alzogaray, Vanina A

; Avaro, Martín M

; Benedetti, Estefanía

; Berguer, Paula M

; Bocanera, Laura

; Bukata, Lucas

; Bustelo, Marina S

; Campos, Ana M

; Colonna, Mariana

; Correa, Elisa

; Cragnaz, Lucía

; Dattero, María E

; Dellafiore, María

; Foscaldi, Sabrina

; González, Joaquín V

; Guerra, Luciano L

; Klinke, Sebastián

; Labanda, María S

; Lauché, Constanza

; López, Juan C

; Martínez, Anabela M

; Otero, Lisandro H

; Peyric, Elías H

; Ponziani, Pablo F

; Ramondino, Romina

; Rinaldi, Jimena

; Rodríguez, Santiago

; Russo, Javier E

; Russo, Mara L

; Saavedra, Soledad L

; Seigelchifer, Mauricio

; Sosa, Santiago

; Vilariño, Claudio

; López Biscayart, Patricia

; Corley, Esteban

; Spatz, Linus

; Baumeister, Elsa G

; Goldbaum, Fernando A

Medicina (Buenos Aires)

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jun 2020, Volume 80 Suppl. 3 Pages 1 - 6

Abstract: En Es | Text: En Es | PDF: En | PDF: Es

The disease named COVID-19, caused by the SARS-CoV-2 coronavirus, is currently generating a global pandemic. Vaccine development is no doubt the best long-term immunological approach, but in the current epidemiologic and health emergency there is a need for rapid and effective solutions. Convalescent plasma is the only antibody-based therapy available for COVID-19 patients to date. Equine polyclonal antibodies (EpAbs) put forward a sound alternative. The new generation of processed and purified EpAbs containing highly purified F(ab’)2 fragments demonstrated to be safe and well tolerated. EpAbs are easy to manufacture allowing a fast development and scaling up for a treatment. Based on these ideas, we present a new therapeutic product obtained after immunization of horses with the receptor-binding domain of the viral Spike glycoprotein. Our product shows around 50 times more potency in in vitro seroneutralization assays than the average of convalescent plasma. This result may allow us to test the safety and efficacy of this product in a phase 2/3 clinical trial to be conducted in July 2020 in the metropolitan area of Buenos Aires, Argentina.

La enfermedad denominada COVID-19 es causada por el coronavirus SARS-CoV-2 y es actualmente considerada una pandemia a nivel global. El desarrollo de vacunas es sin duda la mejor estrategia a largo plazo, pero debido a la emergencia sanitaria, existe una necesidad urgente de encontrar soluciones rápidas y efectivas para el tratamiento de la enfermedad. Hasta la fecha, el uso de plasma de convalecientes es la única inmunoterapia disponible para pacientes hospitalizados con COVID-19. El uso de anticuerpos policlonales equinos (EpAbs) es otra alternativa terapéutica interesante. La nueva generación de EpAbs incluyen el procesamiento y purificación de los mismos y la obtención de fragmentos F(ab’)2 con alta pureza y un excelente perfil de seguridad en humanos. Los EpAbs son fáciles de producir, lo cual permite el desarrollo rápido y la elaboración a gran escala de un producto terapéutico. En este trabajo mostramos el desarrollo de un suero terapéutico obtenido luego de la inmunización de caballos utilizando el receptor-binding domain de la glicoproteína Spike del virus. Nuestro producto mostró ser alrededor de 50 veces más potente en ensayos de seroneutralización in vitro que el promedio de los plasmas de convalecientes. Estos resultados nos permitirían testear la seguridad y eficacia de nuestro producto en ensayos clínicos de fase 2/3 a realizarse a partir de julio de 2020 en la zona metropolitana de Buenos Aires, Argentina.

677 downloads

Surveillance of antiviral resistance markers in Argentina: detection of E119V neuraminidase mutation in a post-treatment immunocompromised patient
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Pontoriero, Andrea

; Avaro, Martín

; Benedetti, Estefania

; Russo, Mara

; Czech, Andrea

; Periolo, Natalia

; Campos, Ana

; Zamora, Ana

; Baumeister, Elsa

Memórias do Instituto Oswaldo Cruz

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dec 2016, Volume 111 N. 12 Pages 745 - 749

Abstract: En | Text: En | PDF: En

Although vaccines are the best means of protection against influenza, neuraminidase inhibitors are currently the main antiviral treatment available to control severe influenza cases. One of the most frequent substitutions in the neuraminidase (NA) protein of influenza A(H3N2) viruses during or soon after oseltamivir administration is E119V mutation. We describe the emergence of a mixed viral population with the E119E/V mutation in the NA protein sequence in a post-treatment influenza sample collected from an immunocompromised patient in Argentina. This substitution was identified by a real-time reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) protocol and was confirmed by direct Sanger sequencing of the original sample. In 2014, out of 1140 influenza samples received at the National Influenza Centre, 888 samples (78%) were A(H3N2) strains, 244 (21.3%) were type B strains, and 8 (0.7%) were A(H1N1)pdm09 strains. Out of 888 A(H3N2) samples, 842 were tested for the E119V substitution by quantitative RT-PCR: 841 A(H3N2) samples had the wild-type E119 genotype and in one sample, a mixture of viral E119/ V119 subpopulations was detected. Influenza virus surveillance and antiviral resistance studies can lead to better decisions in health policies and help in medical treatment planning, especially for severe cases and immunocompromised patients.

https://doi.org/10.1590/0074-02760160262 886 downloads

Performance of a commercial assay for the diagnosis of influenza A (H1N1) infection in comparison to the Centers for Disease Control and Prevention protocol of real time RT-PCR
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Barbás, María G

; Gallego, Sandra V

; Castro, Gonzalo M

; Baumeister, Elsa

; Kademian, Silvia

; De Leon, Juan

; Cudolá, Analía

Revista argentina de microbiología

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mar 2012, Volume 44 N. 1

Abstract: En Es | Text: En Es | PDF: En | PDF: Es

At the time of influenza A (H1N1) emergency, the WHO responded with remarkable speed by releasing guidelines and a protocol for a real-time RT-PCR assay (rRT-PCR). The aim of the present study was to evalúate the performance of the "Real Time Ready Influenza A/H1N1 Detection Set" (June 2009)-Roche kit in comparison to the CDC reference rRT-PCR protocol. The overall sensitivity of the Roche assay for detection of the Inf A gene in the presence or absence of the H1 gene was 74.5 %. The sensitivity for detecting samples that were only positive for the Inf A gene (absence of the H1 gene) was 53.3 % whereas the sensitivity for H1N1-positive samples (presence of the Inf A gene and any other swine gene) was 76.4 %. The specificity of the assay was 97.1 %. A new version of the kit (November 2009) is now available, and a recent evaluation of its performance showed good sensitivity to detect pandemic H1N1 compared to other molecular assays.

Durante la pandemia de influenza A (H1N1), la OMS recomendó algoritmos y protocolos de detección del virus mediante RT-PCR en tiempo real. El objetivo del presente estudio fue evaluar el desempeño del equipo que comercializa la empresa Roche, Real Time Ready Influenza A/H1N1 Detection Set (junio de 2009), en comparación con el protocolo de RT-PCR en tiempo real de los CDC. La sensibilidad global del ensayo de Roche para la detección del gen Inf A en presencia o ausencia del gen H1 fue 74,5 %. La sensibilidad para la detección de muestras positivas solo para el gen Inf A (ausencia del gen H1) fue 53,3 % y la sensibilidad para la detección de muestras positivas para H1N1 (presencia del gen Inf A y cualquier otro gen porcino) fue 76,4 %. La especificidad fue 97,1 %. Existe una nueva versión del equipo (noviembre 2009) que, según se ha descrito, presenta buena sensibilidad en comparación con otros ensayos moleculares para detectar H1N1 pandémica.

428 downloads

Virological surveillance and antiviral resistance of human influenza virus in Argentina, 2005-2008
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Pontoriero, Andrea

; Baumeister, Elsa

; Campos, Ana M.

; Savy, Vilma L.

Revista Panamericana de Salud Pública

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dec 2011, Volume 30 N. 6 Pages 634 - 640

Abstract: En Es | Text: En Es | PDF: En | PDF: Es

OBJECTIVE: To describe the virological characteristics of the influenza strains circulating in Argentina in 2005-2008 and to assess the prevalence of antiviral resistance. METHODS: On the basis of their geographical spread and prevalence, influenza A and B isolates grown in Madin-Darby canine kidney cells were selected after antigenic and genomic characterization to be analyzed for antiviral resistance by enzymatic assay and pyrosequencing. Amantadine susceptibility was evaluated by pyrosequencing for known resistance markers on 45 strains of influenza A. Susceptibility to oseltamivir and zanamivir was evaluated by enzymatic assay of 67 influenza A and 46 influenza B strains, some of which were further analyzed by sequencing the neuraminidase gene. RESULTS: Resistance to amantadine was observed only on A(H3N2) strains (29/33); all of them carried the mutation S31N in their M2 sequence. Oseltamivir resistance was observed in 12 (34.3%) of the 35 A(H1N1) strains from 2008; all of them carried the mutation H275Y in their neuraminidase sequence. All these viruses remained sensitive to zanamivir. CONCLUSIONS: This study describes a high incidence of amantadine-resistant influenza A(H3N2) viruses since 2006 and an unprecedented increase in oseltamivir resistance detected only in influenza A(H1N1) viruses isolated in 2008. Influenza A and B viruses were more sensitive to oseltamivir than to zanamivir, and influenza A viruses were more sensitive to both neuraminidase inhibitors than the influenza B viruses. The national data generated and analyzed in this study may help increase knowledge about influenza antiviral drug resistance, which is a problem of global concern.

OBJETIVO: Describir las características virológicas de las cepas de virus de la gripe que circulaban en la Argentina entre el 2005 y el 2008, y evaluar la prevalencia de la resistencia a los antivíricos. MÉTODOS: Según su diseminación geográfica y su prevalencia, se seleccionaron aislados de gripe A y B cultivados en células renales caninas de Madin-Darby después de su caracterización antigénica y genómica, y se analizó su resistencia a los antivíricos mediante análisis enzimático y pirosecuenciación. La sensibilidad a la amantadina se evaluó por pirosecuenciación para los marcadores conocidos de resistencia en 45 cepas de gripe A. La sensibilidad al oseltamivir y al zanamivir se evaluó mediante análisis enzimático de 67 cepas de gripe A y 46 cepas de gripe B, algunas de las cualesse analizaron en mayor profundidad mediante la secuenciación del gen de la neuraminidasa. RESULTADOS: Se observó resistencia a la amantadina solo en las cepas de gripe A (H3N2) (29/33); todas ellas tenían la mutación S31N en su secuencia de M2. Se observó resistencia al oseltamivir en 12 (34,3%) de las 35 cepas de gripe A (H1N1) aisladas en el 2008; todas ellas tenían la mutación H275Y en su secuencia de neuraminidasa. Todos estos virus conservaron su sensibilidad al zanamivir. CONCLUSIONES: En este estudio se describe una incidencia elevada del virus de la gripe A (H3N2) resistente a la amantadina desde el 2006 y un aumento sin precedentes de la resistencia al oseltamivir detectada solo en los virus de la gripe A (H1N1) aislados en el 2008. Los virus de la gripe A y B fueron más sensibles al oseltamivir que al zanamivir y los virus de la gripe A fueron más sensibles a ambos inhibidores de la neuraminidasa que los virus de la gripe B. Los datos nacionales generados y analizados en este estudio pueden ayudar a aumentar los conocimientos acerca de la resistencia a los fármacos antivíricos dirigidos contra el virus de la gripe, lo que es un motivo de preocupación mundial.

2761 downloads Cited 2 times in SciELO

Molecular characterization of severe and mild cases of influenza A (H1N1) 2009 strain from Argentina
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Baumeister, Elsa

; Palacios, Gustavo

; Cisterna, Daniel

; Solovyov, Alexander

; Hui, Jeffrey

; Savji, Nazir

; Bussetti, Ana Valeria

; Campos, Ana

; Pontoriero, Andrea

; Jabado, Omar J.

; Street, Craig

; Hirschberg, David L.

; Rabadan, Raul

; Alonio, Virginia

; Molina, Viviana

; Hutchison, Stephen

; Egholm, Michael

; Lipkin, W. Ian

Medicina (Buenos Aires)

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dec 2010, Volume 70 N. 6 Pages 518 - 523

Abstract: En Es | Text: En Es | PDF: En | PDF: Es

While worldwide pandemic influenza A(H1N1) pdm case fatality rate (CFR) was 0.4%, Argentina's was 4.5%. A total of 34 strains from mild and severe cases were analyzed. A full genome sequencing was carried out on 26 of these, and a partial sequencing on the remaining eight. We observed no evidence that the high CFR can be attributed to direct virus changes. No evidence of re-assortment, mutations associated with resistance to antiviral drugs, or genetic drift that might contribute to virulence was observed. Although the mutation D225G associated with severity in the latest reports from the Ukraine and Norway is not observed among the Argentine strains, an amino acid change in the area (S206T) surrounding the HA receptor binding domain was observed, the same previously established worldwide.

Mientras que la tasa de letalidad (CFR) para (H1N1)pdm en todo el mundo era del 0.4%, en la Argentina la mortalidad observada fue de 4.5%. La secuenciación del genoma completo de 26 cepas de virus argentinos de influenza A (H1N1)pdm de casos leves y graves y de 8 cepas secuenciadas parcialmente no mostró evidencia de que la elevada tasa de letalidad se pueda atribuir directamente a cambios en el virus. No se encontraron hallazgos de recombinación, de mutaciones asociadas con la resistencia a los medicamentos antivirales ni de variaciones genéticas que puedan contribuir a la virulencia observada. Si bien la mutación D225G asociada con la gravedad, comunicada en informes procedentes de Ucrania y Noruega, no se ha encontrado en las cepas argentinas estudiadas, se ha observado un cambio aminoacídico en la región (S206T) en torno al dominio del sitio de unión al receptor en la HA, el mismo hallado en cepas distribuidas alrededor del mundo.

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Síndrome Respiratorio Agudo Grave: El laboratorio de salud pública frente a una emergencia global
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Baumeister, Elsa G.

; Lewis, Adrian P.

; Bozzini, Juan P.

; Savy, Vilma L.

Medicina (Buenos Aires)

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mar 2005, Volume 65 N. 1 Pages 36 - 40

Abstract: En Es | Text: En Es | PDF: En | PDF: Es

By the end of year 2002 there was an outbreak of atypical pneumonia in Southeast Asia which soon spread to other continents. This new severe acute respiratory syndrome (SARS) was produced by a novel coronavirus. Due to the severity of the situation and risk of introduction of this pathology in our country, the need to arrange specific laboratory diagnostic tests arose. Classic techniques, such as the electron microscopy and molecular biology test such as retrotranscription followed by the polymerase chain reaction (RT-PCR) were implemented. The araldit included cells infected with bovine coronavirus which allowed the viral particles to be visualized easily but it took more time in comparison with the negative staining of free particles from viral cultures. RT-PCR was able to detect RNA of isolated viruses from cases in Hong Kong and Germany.

A fines del año 2002 se inicia un brote de neumonía atípica en el Sudeste asiático el cual se extiende posteriormente a otros continentes. El nuevo síndrome respiratorio agudo grave (SARS) era producido por un coronavirus novedoso. Debido a la gravedad de la situación y al riesgo de introducción de esta patología en Argentina, se implementaron técnicas de diagnóstico clásicas como la microscopía electrónica, y moleculares como una reacción de retrotranscripción seguida de una reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR). La inclusión en araldita de células infectadas con un coronavirus bovino permitió visualizar más fácilmente las partículas virales, pero requirió más tiempo en comparación con la coloración negativa de partículas libres de cultivos virales. La RT-PCR implementada fue capaz de detectar ARN de cepas de casos de Hong Kong y de Alemania.

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Antigenic and genomic relation between human influenza A (H3N2) viruses circulating in Argentina during 1998 and the H3N2 vaccine component
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Pontoriero, Andrea V.

; Baumeister, Elsa G.

; Campos, Ana M.

; Savy, Vilma L.

; Lin, Yi P.

; Hay, Alan J.

Revista Panamericana de Salud Pública

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apr 2001, Volume 9 N. 4 Pages 246 - 253

Abstract: En Es | Text: En Es | PDF: En | PDF: Es

Objective. Due to the lack of correlation from 1994 to 1997 between the A H3N2 component of the influenza vaccine recommended for this period and the circulating viruses in Argentina, we decided to study the antigenic and genomic relationships of the 1998 A H3N2 Argentine circulating strains with the corresponding vaccine component for that year as recommended by the World Health Organization (WHO). Methods. We selected 18 influenza A H3N2 strains isolated in Argentina during 1998 to carry out an antigenic and genomic study of their hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) proteins. For the genomic study we added 3 isolates from Uruguay. We compared the Argentine and Uruguayan strains with available reference strains. Results. We found that all 18 strains from Argentina were similar to the A/Sydney/5/97 (H3N2) strain, as opposed to the A/Wuhan/359/95 (H3N2) strain, which was the vaccine component. This result was confirmed by the genomic study. Conclusions. The approach that we applied in Argentina has improved the quality and quantity of information about influenza in the country. This type of work should be encouraged in other countries in order to help choose the most appropriate vaccine components each year and provide individuals with the best possible protection against influenza.

Objetivos. Debido a la ausencia de correlación entre el componente A H3N2 de la vacuna antigripal recomendada para el período de 1994 a 1997 y los virus entonces circulantes en Argentina, se decidió estudiar las relaciones antigénicas y genómicas entre las cepas A H3N2 circulantes en Argentina en 1998 y el correspondiente componente de la vacuna recomendada para ese año por la Organización Mundial de la Salud. Métodos. Se seleccionaron 18 cepas de virus influenza A H3N2 aisladas en Argentina en 1998 y se efectuó un estudio antigénico y genómico de sus proteínas hemaglutinina (HA) y neuraminidasa (NA). En el estudio genómico también se investigaron 3 aislados procedentes de Uruguay. Las cepas argentinas y uruguayas se compararon con las cepas de referencia. Resultados. Se comprobó que las 18 cepas argentinas eran similares a la cepa A/ Sydney/5/97 (H3N2), y no a la cepa A/Wuhan/359/95 (H3N2), componente de la vacuna. El estudio genómico confirmó este resultado. Conclusiones. El método aplicado en este estudio ha mejorado cuantitativa y cualitativamente la información acerca de la influenza en Argentina. Se deberían alentar estudios de este tipo en otros países, con el fin de contribuir a la elección de los componentes más adecuados para la vacuna de cada año y proporcionar a los vacunados la mejor protección posible frente a la influenza.

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